Forschung in der MVTV

Suchen Sie Ihr Forschungsprojekt innerhalb unserer Forschungsschwerpunkte zur chronischen Virusinfektion und Metagenomics (englische Seite).

In diversen Forschungsprojekten untersucht das MVTV-Forschungsteam die molekularen Mechanismen chronischer Virusinfektionen, wie diese Viren Persistenz etablieren und zur Pathogenese, einschließlich Krebs, beitragen. Der Forschungsschwerpunkt liegt auf Pathogenesemechanismen der humanen Polyomaviren (hPyV), des Merkelzell-Polyomavirus (MCPyV) und des BKPyV sowie der Entwicklung von Interventionsmöglichkeiten, wie z. B. Virostatika.

hPyV sind weit verbreitete Erreger, die im gesunden, immunkompetenten Wirt eine lebenslange, asymptomatische Persistenz entwickeln. Diese Viren sind opportunistische Erreger und tragen unter Immunsuppression durch Reaktivierung der Persistenz zur unkontrollierten Replikation und Pathogenese bei. MCPyV ist die Hauptursache für das Merkelzellkarzinom (MCC), einen seltenen Hautkrebs, während die PyV-assoziierte Nephropathie (PVAN) eine Folge der BKV-Reaktivierung in Nierenepithelzellen ist.

Eine große Herausforderung beim Verständnis dieser Viren und ihrer Bekämpfung ist der eingeschränkte Zelltropismus und die damit verbundenen Einschränkungen in Infektions- und Pathogenitätsmodellen.

Ein weiterer translationaler Ansatz am Institut ist die Nutzung der Hochdurchsatz-sequenzierung (wie z. B. whole genome sequencing, targeted sequencing und metagenomics) zum Nachweis bekannter Pathogene und zur Identifizierung mutmaßlich neuer Pathogene in diagnostischen Proben. In Zusammenarbeit mit dem Leibniz-Institut für Virologie, LIV, Forschungseinheit Virusgenomik und der Technologieeinheit Next-Generation-Sequenzierung am LIV, entwickeln und wenden wir präanalytische und bioinformatische Methoden zum Nachweis, zur Charakterisierung und Identifizierung von Pathogenen in komplexen Sequenzierungsdaten an.

Unsere Forschung wird in unseren Laboren am Campus Forschung II (N25) durchgeführt.

Eine ausführliche Beschreibung unserer Forschungsprojekte haben wir für Sie auf unserer englischen Seite bereitgestellt.

Publikationen | chronische Virusinfektion

Ohnezeit D, Huang J, Westerkamp U, Brinschwitz V, Schmidt C, Günther T, Czech-Sioli M, Weißelberg S, Schlemeyer T, Nakel J, Mai J, Schreiner S, Schneider C, Friedel CC, Schwanke H, Brinkmann MM, Grundhoff A, Fischer N (2024). Merkel cell polyomavirus small tumor antigen contributes to immune evasion by interfering with type I interferon signaling. PLoS Pathog. Aug 7;20(8):e1012426. doi: 10.1371/journal.ppat.1012426. Ohnezeit et al.

Albertini S, Martuscelli L, Borgogna C, Virdi S, Indenbirken D, Lo Cigno I, Griffante G, Calati F, Boldorini R, Fischer N#, Gariglio M# (2022) Cancer-Associated Fibroblasts Exert Proangiogenic Activity in Merkel Cell Carcinoma. J Invest Dermatol doi: 10.1016/j.jid.2022.12.006 (# corresponding authors). Albertini et al.

Schlemeyer T, Ohnezeit D, Virdi S, Korner C, Weisselberg S, Starzonek S, Schumacher U, Grundhoff A, Indenbirken D, Albertini, Fischer N (2022) Merkel Cell Carcinoma and Immune Evasion: Merkel Cell Polyomavirus Small T-Antigen‒Induced Surface Changes Can Be Reverted by Therapeutic Intervention. J Invest Dermatol 142: 3071-3081 e13 doi: 10.1016/j.jid.2022.04.029. Schlemeyer et al.

Czech-Sioli M, Gunther T, Therre M, Spohn M, Indenbirken D, Theiss J, Riethdorf S, Qi M, Alawi M, Wulbeck C, Fernandez-Cuesta I, Esmek F, Becker JC, Grundhoff A#, Fischer N# (2020) High-resolution analysis of Merkel Cell Polyomavirus in Merkel Cell Carcinoma reveals distinct integration patterns and suggests NHEJ and MMBIR as underlying mechanisms. PLoS Pathog 16: e1008562 doi: 10.1371/journal.ppat.1008562 (# corresponding author). Czech-Sioli et al.

Theiss JM, Gunther T, Alawi M, Neumann F, Tessmer U, Fischer N#, Grundhoff A# (2015) A Comprehensive Analysis of Replicating Merkel Cell Polyomavirus Genomes Delineates the Viral Transcription Program and Suggests a Role for mcv-miR-M1 in Episomal Persistence. PLoS Pathog 11: e1004974 doi: 10.1371/journal.ppat.1004974. Theiss et al.

Publikationen | Metagenomics

Olearo F, Christner M, Lütgehetmann M, Aepfelbacher M, Fischer N, Rohde H. (2025) Revisiting diagnostics: microbial cell-free DNA-sequencing: addressing unmet challenges in implant-related cardiovascular infections. Clin Microbiol Infect. 31(4):510-512. doi: 10.1016/j.cmi.2024.11.019. Epub 2024 Nov 15. Olearo et al.

Czech-Sioli M, Gunther T, Robitaille A, Roggenkamp H, Buttner H, Indenbirken D, Christner M, Lutgehetmann M, Knobloch J, Aepfelbacher M, Grundhoff, Fischer N (2023) Integration of Sequencing and Epidemiologic Data for Surveillance of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Infections in a Tertiary-Care Hospital. Clin Infect Dis 76: e263-e273 doi:10.1093/cid/ciac484. Czech-Sioli et al.

Baier C, Huang J, Reumann K, Indenbirken D, Thol F, Koenecke C, Ebadi E, Heim A, Bange FC, Haid S, Pietschmann T, Fischer N (2022) Target capture sequencing reveals a monoclonal outbreak of respiratory syncytial virus B infections among adult hematologic patients. Antimicrob Resist Infect Control 11: 88 doi: 10.1186/s13756-022-01120-z. Baier et al.

Heyer A, Gunther T, Robitaille A, Lutgehetmann M, Addo MM, Jarczak D, Kluge S, Aepfelbacher M, Schulze Zur Wiesch J, Fischer N# & Grundhoff A# (2022) Remdesivir-induced emergence of SARS-CoV2 variants in patients with prolonged infection. Cell Rep Med. 3 (9):100735 doi: 10.1016/j.xcrm.2022.100735 (# corresponding authors) Heyer at al.

Kemming J, Gundlach S, Panning M, Huzly D, Huang J, Lutgehetmann M, Pischke S, Schulze Zur Wiesch J, Emmerich F, Llewellyn-Lacey S, Price DA, Tanriver Y, Warnatz K, Boettler T, Thimme R, Hofmann M, Fischer N & Neumann-Haefelin C (2022) Mechanisms of CD8+ T-cell failure in chronic hepatitis E virus infection. J Hepatol 77: 978-990 doi: 10.1016/j.jhep.2022.05.019. Kemming et al.

Günther T, Czech-Sioli M, Indenbirken D, Robitaille A, Tenhaken P, Exner M, Ottinger M, Fischer N#, Grundhoff A#, Brinkmann MM#. SARS-CoV-2 outbreak investigation in a German meat processing plant. EMBO Mol Med. 2020 Dec 7;12(12):e13296. doi: 10.15252/emmm.202013296 (# corresponding authors). Günther et al.

Alawi M, Burkhardt L, Indenbirken D, Reumann K, Christopeit M, Kröger N, Lütgehetmann M, Aepfelbacher M, Fischer N, Grundhoff A. DAMIAN: an open source bioinformatics tool for fast, systematic and cohort based analysis of microorganisms in diagnostic samples. Sci Rep. 2019 Nov 14;9(1):16841. doi: 10.1038/s41598-019-52881-4. Alawi et al.