Das IfP wurde im Jahr 2000 in gemeinsamer Trägerschaft von der Universität Hamburg und dem UKE gegründet.

Seit 2017 ist das IfP ein eigenständiges Institut am Zentrum für Psychosoziale Medizin in alleiniger Trägerschaft des UKE. Aktuell befinden sich am IfP über 120 Ärztinnen und Ärzte und Psychologinnen und Psychologen in der Aus- bzw. Weiterbildung.