Anfänge der Medizin-Soziologie im Universitäts-Krankenhaus Eppendorf lassen sich bereits in den späten 60er Jahren finden. Damals übernahm Klaus Dörner, Oberarzt der Psychiatrischen und Nervenklinik, einen medizinsoziologischen Lehrauftrag. Als Mediziner und Soziologe war er ausgewiesen, um weitgesteckte Reformziele anzustreben. Die Studentenbewegung und die gesetzliche Änderung der Ausbildungsordnung für Ärzte von 1970 schufen Bedingungen für eine breite Reformdiskussion. Sie gewann im Studienreformausschuß und im Fachbereichsrat dadurch Gewicht, daß HochschullehrerInnen, AssistentInnen und StudentInnen gleiches Stimmrecht besaßen (Drittelparität). Unter diesen Bedingungen entstanden die medizinsoziologischen Tutorien, heute wie damals den aktuellen gesundheitspolitischen Fragen und dem wissenschaftlichen Diskurs gleichermaßen verpflichtet. Noch in der Reformphase wurde die Personalstruktur für die Einrichtung fixiert (zwei Professorenstellen, zwei wissenschaftliche, eine technische Assistentenstelle und eine Sekretärin).

Zuerst wurden die Assistentenstellen in der damals noch fachbereichsunmittelbaren Einrichtung besetzt (1974). Alf Trojan und Heiko Waller, beide Mediziner und Soziologen, bildeten zusammen mit dem reformerfahrenen Dörner ein ideales Team, um sich ungelösten Fragen der psychiatrischen Versorgung zu widmen. 1979 verließ Waller das Team und übernahm eine Professorenstelle für Sozialmedizin an der Fachhochschule Lüneburg, hielt jedoch weiterhin den Forschungskontakt. 1979 initiierte Alf Trojan Gesundheitsselbsthilfe und Netzwerkforschung und organisierte darum herum den heutigen Arbeitsschwerpunkt "Gesundheitsförderungs-, Selbsthilfe- und Netzwerkforschung". Der von ihm angeregte Trägerverein "Sozialwissenschaften und Gesundheit e.V." wurde zur organisatorischen Klammer für zahlreiche selbstständige Gesundheitseinrichtungen in Hamburg, u.a. Kontakt- und Informationsstellen für Selbsthilfegruppen (KISS).

1975 wurde Heidrun Kaupen-Haas, Soziologin, zur Professorin ernannt und übernahm die Geschäftsführung der Einrichtung. Gemeinsam mit Wilfried Karmaus, Mediziner und Soziologe, initiierte sie Ende der 70er Jahre Forschungen über verschleißbedingte rheumatische Erkrankungen. In den 80er Jahren entwickelte sie - in Kooperation mit dem 1984 gegründeten "Verein zur Erforschung nationalsozialistischer Gesundheits- und Sozialpolitik e.V." und der daraus entstandenen "Hamburger Stiftung für Sozialgeschichte des 20. Jahrhunderts" - den Forschungsschwerpunkt Sozial- und Bevölkerungspolitik im historischen und internationalen Vergleich.

Die Forschung über arbeitsbedingte Erkrankungen wurde in den 80er Jahren von Karmaus zum international beachteten Schwerpunkt Sozialepidemiologie erweitert. Er schließt Projekte über verschleißbedingte rheumatische Erkrankungen, Medikamentenkonsum von Frauen, Schadstoffe in Hamburger Kindergärten ein.

1975 wurde Hanneli Döhner, Soziologin, zunächst als technische Assistentin, seit 1978 als wissenschaftliche Mitarbeiterin beschäftigt. Sie baute in den vergangenen Jahren den national und international vielbeachteten und sehr geschätzten Arbeitschwerpunkt Sozialgerontologie auf, in dessen Mittelpunkt die Untersuchung von Strukturen der Gesundheitssicherung für alte Menschen steht.

1985 entstand aus der fachbereichsunmittelbaren Einrichtung ein Institut für Medizin-Soziologie mit zwei Abteilungen und mit der Option einer dritten Abteilung mit dem Schwerpunkt Sozialmedizin. Leiterin der Abteilung I wurde H. Kaupen-Haas; A.Trojan, 1984 zum Professor ernannt, wurde Leiter der Abteilung II. Wilfried Karmaus wurde Abteilung I, H.Döhner Abteilung II zugeordnet. 1989 übernahm Beate Ritz, Medizinerin, die Hochschulassistentenstelle, die zuvor W.Karmaus innehatte (beide inzwischen auf Professoren-Stellen für Epidemiolgie in den USA).

Nach der Pensionierung von Prof. Heidrun Kaupen-Haas wurde zum 1.12.2004 Dr. Olaf von dem Knesebeck auf ihre Stelle berufen. Nach der Pensionierung von Prof. Dr. Dr. Alf Trojan wurde zum 01.04.2010 Prof. Dr. Hans-Helmut König auf die Professur für Gesundheitswissenschaftliche Versorgungsforschung und Gesundheitsökonomie berufen. Das Institut für Medizin-Soziologie nannte sich fortan "Institut für Medizinische Soziologie, Sozialmedizin und Gesundheitsökonomie".

Am 1.07.2013 wurde das IMSG in zwei eigenständige Institute für "Gesundheitsökonomie und Versorgungsforschung" (Prof. Dr. Hans-Helmut König, MPH) und "Medizinische Soziologie" (Prof. Dr. Olaf von dem Knesebeck) umstrukturiert.