Ausgewählte Publikationen

Ehrenreich H, Mitjans M, Van der Auwera S, Centeno TP, Begemann M, Grabe HJ, Bonn S, Nave K-A, (2017) OTTO: a new strategy to extract mental disease-relevant combinations of GWAS hits from individuals. Molecular Psychiatry Advanced online publication

Halder R, Hennion M, Vidal R, Shomroni O, Rahman R, Rajput A, Pena Centeno T, van Bebber F, Capece V, Garcia Vizcaino J, Schuetz A-L, Burkhardt S, Benito E, Navarro Sala M, Bahari Javan S, Haass C, Schmid B, Fischer A, Bonn S (2016) DNA methylation changes in functional and structural plasticity genes regulate the formation and maintenance of memory. Nature Neuroscience 19:102-110.

Murdoch JD, Rostosky CM, Gowrisankaran S, Arora AS, Soukup SF, Vidal R, Capece V, Freytag S, Fischer A, Verstrecken P, Bonn S, Raimundo N, Milosevic I (2016) Endophilin-A Deficiency Induces the Foxo3a-Fbxo32 Network in the Brain and Causes Dysregulation of Autophagy and the Ubiquitin-Proteasome System. Cell Rep. 17:1071-1086.

Capece V, Garcia Vizcaino JC, Vidal R, Rahman RU, Pena Centeno T, Shomroni O, Suberviola I, Fischer A, Bonn S (2015) Oasis: online analysis of small RNA deep sequencing data. Bioinformatics 31: 2205-2207.

Bonn S, Zinzen RP, Girardot C, Gustafson E, Perez-Gonzalez A, Delhomme N, Ghavi-Helm Y, Wilczynski B, Riddell A, Furlong EE (2012) Tissue specific analysis of chromatin state reveals predictive signatures of enhancer activity during embryonic development. Nature Genetics 44: 148-156.

Software

SEA https://sea.dzne.de ): SEA, der "small RNA expression atlas", ist eine Webanwendung, die es ermöglicht, RNA-Expressionsdatensätze abzufragen, zu visualisieren und zu analysieren. Die SEA Datenbank enthält Informationen zu über 30.000 kleinen RNA Molekülen, 2.000 RNA-Proben, hunderten Erkrankungen, mehr als sieben Spezies und vielen verschiedenen Geweben und Zelltypen. SEA ist völlig Interaktiv und schnell. Es ist ein perfektes Beispiel für die Art von Wissensdatenbanken, die wir aufbauen.

Oasis & Oasis 2 ( https://oasis.dzne.de ): Oasis ist ein Webservice, mit dem man RNA-Datensätze analysieren kann, um Informationen darüber zu erhalten, welche kleinen RNA-Moleküle in den eigenen Datensätzen vorhanden sind. Darüber hinaus ist es möglich, für diese kleinen RNA Moleküle differentielle Expressionen zu ermitteln und auch Machine-Learning Modelle für die Klassifikation von Krankheiten zu generieren. Der Webservice ist interaktiv, schnell und wird von der Forschungsgemeinde stark benutzt.

Memory Epigenom Browser ( https://memory-epigenome-browser.dzne.de ): Der Memory Epigenom Browser ermöglicht es, über 200 Zelltyp-spezifische epigenetische und transcriptomische Datensätze vor und nach Lernvorgängen auszuwählen, zu visualisieren und herunterzuladen. Diese Daten sind Teil unserer Veröffentlichung über die epigenetischen Grundlagen von Lern- und Gedächtnisprozessen (Halder et al. Nature Neuroscience 2016).

GRAND: "Graphs as nested dictionaries" ist eine Software, die es ermöglicht, schnell und ohne großen RAM-Verbrauch Graph-Operationen und Graph-Visualisierungen durchzuführen. GRAND ist als Python-Packet frei erhältlich. Es unterstützt viele gängige Graph-Dateiformate und enthält Algorithmen für gängige Operationen wie Suche oder kürzeste Pfade.