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Hippocampal neurons respond to brain activity with functional hypoxia
Butt U, Steixner-Kumar A, Depp C, Sun T, Hassouna I, Wüstefeld L, Arinrad S, Zillmann M, Schopf N, Fernandez Garcia-Agudo L, Mohrmann L, Bode U, Ronnenberg A, Hindermann M, Goebbels S, Bonn S, Katschinski D, Miskowiak K, Nave K, Ehrenreich H
MOL PSYCHIATR. 2021;26(6):1790-1807.

Histological activity despite normal ALT and IgG serum levels in patients with autoimmune hepatitis and cirrhosis
Laschtowitz A, Zachou K, Lygoura V, Pape S, Derben F, Jaeckel E, Oller-Moreno S, Weidemann S, Krech T, Piecha F, Schön G, Liebhoff A, Al Tarrah M, Heneghan M, Drenth J, Dalekos G, Taubert R, Lohse A, Schramm C
JHEP Reports. 2021;3(4):100321.

Interactive gene networks with KNIT
Magruder D, Liebhoff A, Bethune J, Bonn S
BIOINFORMATICS. 2021;37(2):276-278.

Paracellular and Transcellular Leukocytes Diapedesis Are Divergent but Interconnected Evolutionary Events
Mickael M, Kubick N, Klimovich P, Flournoy P, Bieńkowska I, Sacharczuk M
GENES-BASEL. 2021;12(2):.

Protein phosphorylation in depolarized synaptosomes: Dissecting primary effects of calcium from synaptic vesicle cycling
Silbern I, Pan K, Fiosins M, Bonn S, Rizzoli S, Fornasiero E, Urlaub H, Jahn R
MOL CELL PROTEOMICS. 2021;20:100061.

Bias-invariant RNA-sequencing metadata annotation
Wartmann H, Heins S, Kloiber K, Bonn S
GIGASCIENCE. 2021;10(9):.

Clonal expansion and activation of tissue-resident memory-like Th17 cells expressing GM-CSF in the lungs of severe COVID-19 patients
Zhao Y, Kilian C, Turner J, Bosurgi L, Roedl K, Bartsch P, Gnirck A, Cortesi F, Schultheiß C, Hellmig M, Enk L, Hausmann F, Borchers A, Wong M, Paust H, Siracusa F, Scheibel N, Herrmann M, Rosati E, Bacher P, Kylies D, Jarczak D, Lütgehetmann M, Pfefferle S, Steurer S, Zur Wiesch J, Puelles V, Sperhake J, Addo M, Lohse A, Binder M, Huber S, Huber T, Kluge S, Bonn S, Panzer U, Gagliani N, Krebs C
Sci Immunol. 2021;6(56):.

Deep learning-based molecular morphometrics for kidney biopsies
Zimmermann M, Klaus M, Wong M, Thebille A, Gernhold L, Kuppe C, Halder M, Kranz J, Wanner N, Braun F, Wulf S, Wiech T, Panzer U, Krebs C, Hoxha E, Kramann R, Huber T, Bonn S, Puelles V
JCI Insight. 2021;6(7):e144779.

Explainable Deep Learning for Augmentation of Small RNA Expression Profiles
Fiosina J, Fiosins M, Bonn S
J COMPUT BIOL. 2020.

CRISPLD1: a novel conserved target in the transition to human heart failure
Khadjeh S, Hindmarsh V, Weber F, Cyganek L, Vidal R, Torkieh S, Streckfuss-Bömeke K, Lbik D, Tiburcy M, Mohamed B, Bonn S, Toischer K, Hasenfuss G
BASIC RES CARDIOL. 2020;115(3):27.

Pathogen-induced tissue-resident memory TH17 (TRM17) cells amplify autoimmune kidney disease
Krebs C, Reimers D, Zhao Y, Paust H, Bartsch P, Nuñez S, Rosemblatt M, Hellmig M, Kilian C, Borchers A, Enk L, Zinke M, Becker M, Schmid J, Klinge S, Wong M, Puelles V, Schmidt C, Bertram T, Stumpf N, Hoxha E, Meyer-Schwesinger C, Lindenmeyer M, Cohen C, Rink M, Kurts C, Franzenburg S, Koch-Nolte F, Turner J, Riedel J, Huber S, Gagliani N, Huber T, Wiech T, Rohde H, Bono M, Bonn S, Panzer U, Mittrücker H
Sci Immunol. 2020;5(50):.

Realistic in silico generation and augmentation of single-cell RNA-seq data using generative adversarial networks
Marouf M, Machart P, Bansal V, Kilian C, Magruder D, Krebs C, Bonn S
NAT COMMUN. 2020;11(1):166.

Neuropathology of patients with COVID-19 in Germany: a post-mortem case series
Matschke J, Lütgehetmann M, Hagel C, Sperhake J, Schröder A, Edler C, Mushumba H, Fitzek A, Allweiss L, Dandri M, Dottermusch M, Heinemann A, Pfefferle S, Schwabenland M, Sumner Magruder D, Bonn S, Prinz M, Gerloff C, Püschel K, Krasemann S, Aepfelbacher M, Glatzel M
LANCET NEUROL. 2020;19(11):919-929.

Deep learning-based cell composition analysis from tissue expression profiles
Menden K, Marouf M, Oller S, Dalmia A, Magruder D, Kloiber K, Heutink P, Bonn S
SCI ADV. 2020;6(30):eaba2619.

SEAweb: the small RNA Expression Atlas web application
Rahman R, Liebhoff A, Bansal V, Fiosins M, Rajput A, Sattar A, Magruder D, Madan S, Sun T, Gautam A, Heins S, Liwinski T, Bethune J, Trenkwalder C, Fluck J, Mollenhauer B, Bonn S
NUCLEIC ACIDS RES. 2020;48(D1):D204-D219.

SUMOylation controls the neurodevelopmental function of the transcription factor Zbtb20
Ripamonti S, Shomroni O, Rhee J, Chowdhury K, Jahn O, Hellmann K, Bonn S, Brose N, Tirard M
J NEUROCHEM. 2020;154(6):647-661.

Organ-specific small non-coding RNA responses in domestic (Sudani) ducks experimentally infected with highly pathogenic avian influenza virus (H5N1)
Samir M, Vidal R, Abdallah F, Capece V, Seehusen F, Geffers R, Hussein A, Ali A, Bonn S, Pessler F
RNA BIOL. 2020;17(1):112-124.

Functional hypoxia drives neuroplasticity and neurogenesis via brain erythropoietin
Wakhloo D, Scharkowski F, Curto Y, Javed Butt U, Bansal V, Steixner-Kumar A, Wüstefeld L, Rajput A, Arinrad S, Zillmann M, Seelbach A, Hassouna I, Schneider K, Qadir Ibrahim A, Werner H, Martens H, Miskowiak K, Wojcik S, Bonn S, Nacher J, Nave K, Ehrenreich H
NAT COMMUN. 2020;11(1):1313.

Tagger-A Swiss army knife for multiomics to dissect cell type-specific mechanisms of gene expression in mice
Kaczmarczyk L, Bansal V, Rajput A, Rahman R, Krzyżak W, Degen J, Poll S, Fuhrmann M, Bonn S, Jackson W
PLOS BIOL. 2019;17(8):e3000374.

Violent aggression predicted by multiple pre-adult environmental hits
Mitjans M, Seidel J, Begemann M, Bockhop F, Moya-Higueras J, Bansal V, Wesolowski J, Seelbach A, Ibáñez M, Kovacevic F, Duvar O, Fañanás L, Wolf H, Ortet G, Zwanzger P, Klein V, Lange I, Tänzer A, Dudeck M, Penke L, van Elst L, Bittner R, Schmidmeier R, Freese R, Müller-Isberner R, Wiltfang J, Bliesener T, Bonn S, Poustka L, Müller J, Arias B, Ehrenreich H
MOL PSYCHIATR. 2019;24(10):1549-1564.

DNA Methyltransferase 1 Controls Nephron Progenitor Cell Renewal and Differentiation
Wanner N, Vornweg J, Combes A, Wilson S, Plappert J, Rafflenbeul G, Puelles V, Rahman R, Liwinski T, Lindner S, Grahammer F, Kretz O, Wlodek M, Romano T, Moritz K, Boerries M, Busch H, Bonn S, Little M, Bechtel-Walz W, Huber T
J AM SOC NEPHROL. 2019;30(1):63-78.

Genome-wide association study results for educational attainment aid in identifying genetic heterogeneity of schizophrenia
Bansal V, Mitjans M, Burik C, Linnér R, Okbay A, Rietveld C, Begemann M, Bonn S, Ripke S, de Vlaming R, Nivard M, Ehrenreich H, Koellinger P
NAT COMMUN. 2018;9(1):3078.

Upregulation of miR-370 and miR-543 is associated with reduced expression of heat shock protein 40 in spinocerebellar ataxia type 3
Evert B, Nalavade R, Jungverdorben J, Matthes F, Weber S, Rajput A, Bonn S, Brüstle O, Peitz M, Krauß S
PLOS ONE. 2018;13(8):e0201794.

Targeting myelin lipid metabolism as a potential therapeutic strategy in a model of CMT1A neuropathy
Fledrich R, Abdelaal T, Rasch L, Bansal V, Schütza V, Brügger B, Lüchtenborg C, Prukop T, Stenzel J, Rahman R, Hermes D, Ewers D, Möbius W, Ruhwedel T, Katona I, Weis J, Klein D, Martini R, Brück W, Müller W, Bonn S, Bechmann I, Nave K, Stassart R, Sereda M
NAT COMMUN. 2018;9(1):3025.

Precisely measured protein lifetimes in the mouse brain reveal differences across tissues and subcellular fractions
Fornasiero E, Mandad S, Wildhagen H, Alevra M, Rammner B, Keihani S, Opazo F, Urban I, Ischebeck T, Sakib M, Fard M, Kirli K, Centeno T, Vidal R, Rahman R, Benito E, Fischer A, Dennerlein S, Rehling P, Feussner I, Bonn S, Simons M, Urlaub H, Rizzoli S
NAT COMMUN. 2018;9(1):4230.

Molecular Evolution and Functional Divergence of the IgLON Family
Kubick N, Brösamle D, Mickael M
EVOL BIOINFORM. 2018;14:1176934318775081.

Regional and subtype-dependent miRNA signatures in sporadic Creutzfeldt-Jakob disease are accompanied by alterations in miRNA silencing machinery and biogenesis
Llorens F, Thüne K, Martí E, Kanata E, Dafou D, Díaz-Lucena D, Vivancos A, Shomroni O, Zafar S, Schmitz M, Michel U, Fernández-Borges N, Andréoletti O, Del Río J, Díez J, Fischer A, Bonn S, Sklaviadis T, Torres J, Ferrer I, Zerr I
PLOS PATHOG. 2018;14(1):e1006802.

The codon sequences predict protein lifetimes and other parameters of the protein life cycle in the mouse brain
Mandad S, Rahman R, Centeno T, Vidal R, Wildhagen H, Rammner B, Keihani S, Opazo F, Urban I, Ischebeck T, Kirli K, Benito E, Fischer A, Yousefi R, Dennerlein S, Rehling P, Feussner I, Urlaub H, Bonn S, Rizzoli S, Fornasiero E
SCI REP-UK. 2018;8(1):16913.

Oasis 2: improved online analysis of small RNA-seq data
Rahman R, Gautam A, Bethune J, Sattar A, Fiosins M, Magruder D, Capece V, Shomroni O, Bonn S
BMC BIOINFORMATICS. 2018;19(1):54.

Epigenetic alterations in longevity regulators, reduced life span, and exacerbated aging-related pathology in old father offspring mice
Xie K, Ryan D, Pearson B, Henzel K, Neff F, Vidal R, Hennion M, Lehmann I, Schleif M, Schröder S, Adler T, Rathkolb B, Rozman J, Schütz A, Prehn C, Mickael M, Weiergräber M, Adamski J, Busch D, Ehninger G, Matynia A, Jackson W, Wolf E, Fuchs H, Gailus-Durner V, Bonn S, Hrabě de Angelis M, Ehninger D
P NATL ACAD SCI USA. 2018;115(10):E2348-E2357.

Severe DCM phenotype of patient harboring RBM20 mutation S635A can be modeled by patient-specific induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes
Streckfuss-Bömeke K, Tiburcy M, Fomin A, Luo X, Li W, Fischer C, Özcelik C, Perrot A, Sossalla S, Haas J, Vidal R, Rebs S, Khadjeh S, Meder B, Bonn S, Linke W, Zimmermann W, Hasenfuss G, Guan K
J MOL CELL CARDIOL. 2017;113:9-21.

Letzte Aktualisierung aus dem FIS: 24.10.2021 - 00:32 Uhr

Buchkapitel und Buchbesprechungen

  • ISBRA 2019: Bioinformatics Research and Applications
    Deep Learning and Random Forest-Based Augmentation of sRNA Expression Profiles
    Jelena Fiosina, Maksims Fiosins, Stefan Bonn
    Conference paper, 09 May 2019

Software

SEA https://sea.dzne.de ): SEA, der "small RNA expression atlas", ist eine Webanwendung, die es ermöglicht, RNA-Expressionsdatensätze abzufragen, zu visualisieren und zu analysieren. Die SEA Datenbank enthält Informationen zu über 30.000 kleinen RNA Molekülen, 2.000 RNA-Proben, hunderten Erkrankungen, mehr als sieben Spezies und vielen verschiedenen Geweben und Zelltypen. SEA ist völlig Interaktiv und schnell. Es ist ein perfektes Beispiel für die Art von Wissensdatenbanken, die wir aufbauen.

Oasis & Oasis 2 ( https://oasis.dzne.de ): Oasis ist ein Webservice, mit dem man RNA-Datensätze analysieren kann, um Informationen darüber zu erhalten, welche kleinen RNA-Moleküle in den eigenen Datensätzen vorhanden sind. Darüber hinaus ist es möglich, für diese kleinen RNA Moleküle differentielle Expressionen zu ermitteln und auch Machine-Learning Modelle für die Klassifikation von Krankheiten zu generieren. Der Webservice ist interaktiv, schnell und wird von der Forschungsgemeinde stark benutzt.

Memory Epigenom Browser ( https://memory-epigenome-browser.dzne.de ): Der Memory Epigenom Browser ermöglicht es, über 200 Zelltyp-spezifische epigenetische und transcriptomische Datensätze vor und nach Lernvorgängen auszuwählen, zu visualisieren und herunterzuladen. Diese Daten sind Teil unserer Veröffentlichung über die epigenetischen Grundlagen von Lern- und Gedächtnisprozessen (Halder et al. Nature Neuroscience 2016).

GRAND: "Graphs as nested dictionaries" ist eine Software, die es ermöglicht, schnell und ohne großen RAM-Verbrauch Graph-Operationen und Graph-Visualisierungen durchzuführen. GRAND ist als Python-Packet frei erhältlich. Es unterstützt viele gängige Graph-Dateiformate und enthält Algorithmen für gängige Operationen wie Suche oder kürzeste Pfade.