Ausgewählte Publikationen

  • Realistic in silico generation and augmentation of single cell RNA-seq data using Generative Adversarial Neural Networks. (2018)
    S Bonn, P Machart, M Marouf, DS Magruder, V Bansal, C Kilian, CF Krebs
    bioRxiv, 390153
  • Regional and subtype-dependent miRNA signatures in sporadic Creutzfeldt-Jakob disease are accompanied by alterations in miRNA silencing machinery and biogenesis.
    Llorens F, Thüne K, Martí E, Kanata E, Dafou D, Díaz-Lucena D, Vivancos A, Shomroni O, Zafar S, Schmitz M, Michel U, Fernández-Borges N, Andréoletti O Del Río JA, Díez J, Fischer A, Bonn S, Sklaviadis T, Torres JM, Ferrer I, Zerr I.PLoS Pathog. 2018 Jan 22;14(1):e1006802.
  • Upregulation of miR-370 and miR-543 is associated with reduced expression of heat shock
    protein40 in spinocerebellar ataxia type 3.
    Evert BO, Nalavade R, Jungverdorben J, Matthes F, Weber S, Rajput A, Bonn S, Brüstle O, Peitz M, Krauß S. PLoS One. 2018 Aug 7;13(8):e0201794.
  • Precisely measured protein lifetimes in the mouse brain reveal differences across tissues and
    subcellular fractions.
    Fornasiero EF, Mandad S, Wildhagen H, Alevra M, Rammner B, Keihani S, Opazo F, Urban I, Ischebeck T, Sakib MS, Fard MK, Kirli K, Centeno TP, Vidal RO, Rahman RU, Benito E, Fischer A, Dennerlein S, Rehling P, Feussner I, Bonn S, Simons M, Urlaub H, Rizzoli SO. Nat Commun. 2018 Oct 12;9(1):4230.
  • Genome-wide association study results for educational attainment aid in identifying genetic heterogeneity of schizophrenia.
    Bansal V, Mitjans M, Burik CAP, Linnér RK, Okbay A, Begemann M, Bonn S, Ripke S, de Vlaming R, Nivard MG, Ehrenreich H, Koellinger D. Nat Commun. 2018 , DOI: 10.1038/s41467-018-05510-z

  • Targeting myelin lipid metabolism as a potential therapeutic strategy in a model of CMT1A neuropathy.
    Fledrich R, Abdelaal T, Rasch L, Bansal V, Schütza V, Brügger B, Lüchtenborg C, Prukop T, Stenzel J, Rahman RU, Hermes D, Ewers D, Möbius W, Ruhwedel T, Katona I, Weis J, Klein D, Martini R, Brück W, Müller WC, Bonn S, Bechmann I, Nave KA, Stassart RM, Sereda MW. Nat Commun. 2018 Aug 2;9(1):3025.
  • Chromatin Remodeling BAF155 Subunit Regulates the Genesis of Basal Progenitors in Developing Cortex.
    Narayanan R, Pham L, Kerimoglu C, Watanabe T, Castro Hernandez R, Sokpor G, Ulmke PA, Kiszka KA, Tonchev AB, Rosenbusch J, Seong RH, Teichmann U, Frahm J, Fischer A, Bonn S, Stoykova A, Staiger JF, Tuoc T. iScience. 2018 Jun 29;4:109-126.
  • Violent aggression predicted by multiple pre-adult environmental hits.
    Mitjans M, Seidel J, Begemann M, Bockhop F, Moya-Higueras J, Bansal V, Wesolowski-J, Seelbach A, Ibáñez MI, Kovacevic F, Duvar O,Fañanás L, Wolf H-U, Ortet G,Zwanzger P, Klein V, Lange I, Tänzer A, Dudeck M, Penke L, Tebartz van Elst L, Bittner RA, Schmidmeier R, Freese R, Müller-Isberner R, Wiltfang J, Bliesener T, Bonn S, Poustka L, Müller JL, Arias B, Ehrenreich H (2018) Molecular Psychiatry doi.10.1038/s41380-018-0043-3

  • Oasis 2: improved online analysis of small RNA-seq data.
    Rahman RU, Gautam A, Bethune J, Sattar A, Fiosins M, Magruder DS, Capece V, Shomroni O, Bonn (2018) S.BMC Bioinformatics. 2018 Feb 14;19(1):54

  • Epigenetic alterations in longevity regulators, reduced life span, and exacerbated aging-related pathology in old father offspring mice.
    Xie K, Ryan DP, Pearson BL, Henzel KS, Neff F, Vidal RO, Hennion M, Lehmann I, Schleif M, Schröder S, Adler T, Rathkolb B, Rozman J, Schütz AL, Prehn C, Mickael ME, Weiergräber M, Adamski J, Busch DH, Ehninger G, Matynia A, Jackson WS, Wolf E, Fuchs H, Gailus-Durner V, Bonn S, Hrabě de Angelis M, Ehninger D. (2018)
    Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Mar 6;115(10)
  • The landscape of human mutually exclusive splicing.
    Hatje K, Rahman RU, Vidal RO, Simm D, Hammesfahr B, Bansal V, Rajput A, Mickael ME, Sun T, Bonn S, Kollmar M. (2017) Mol Syst Biol. 2017 Dec 14;13(12):959

  • OTTO: a new strategy to extract mental disease-relevant combinations of GWAS hits from individuals.Ehrenreich H, Mitjans M, Van der Auwera S, Centeno TP, Begemann M, Grabe HJ, Bonn S, Nave K-A, (2017) Mol Psychiatry. 2018 Feb;23(2):476-486.
  • DNA methylation changes in functional and structural plasticity genes regulate the formation and maintenance of memory.Halder R, Hennion M, Vidal R, Shomroni O, Rahman R, Rajput A, Pena Centeno T, van Bebber F, Capece V, Garcia Vizcaino J, Schuetz A-L, Burkhardt S, Benito E, Navarro Sala M, Bahari Javan S, Haass C, Schmid B, Fischer A, Bonn S (2016) Nature Neuroscience 19:102-110.

  • Endophilin-A Deficiency Induces the Foxo3a-Fbxo32 Network in the Brain and Causes Dysregulation of Autophagy and the Ubiquitin-Proteasome System.
    Murdoch JD, Rostosky CM, Gowrisankaran S, Arora AS, Soukup SF, Vidal R, Capece V, Freytag S, Fischer A, Verstrecken P, Bonn S, Raimundo N, Milosevic I (2016) Cell Rep. 17:1071-1086.

  • Oasis: online analysis of small RNA deep sequencing data.
    Capece V, Garcia Vizcaino JC, Vidal R, Rahman RU, Pena Centeno T, Shomroni O, Suberviola I, Fischer A, Bonn S (2015) Bioinformatics 31: 2205-2207.

  • Tissue specific analysis of chromatin state reveals predictive signatures of enhancer activity during embryonic development.
    Bonn S, Zinzen RP, Girardot C, Gustafson E, Perez-Gonzalez A, Delhomme N, Ghavi-Helm Y, Wilczynski B, Riddell A, Furlong EE (2012) Nature Genetics 44: 148-156.

Software

SEA https://sea.dzne.de ): SEA, der "small RNA expression atlas", ist eine Webanwendung, die es ermöglicht, RNA-Expressionsdatensätze abzufragen, zu visualisieren und zu analysieren. Die SEA Datenbank enthält Informationen zu über 30.000 kleinen RNA Molekülen, 2.000 RNA-Proben, hunderten Erkrankungen, mehr als sieben Spezies und vielen verschiedenen Geweben und Zelltypen. SEA ist völlig Interaktiv und schnell. Es ist ein perfektes Beispiel für die Art von Wissensdatenbanken, die wir aufbauen.

Oasis & Oasis 2 ( https://oasis.dzne.de ): Oasis ist ein Webservice, mit dem man RNA-Datensätze analysieren kann, um Informationen darüber zu erhalten, welche kleinen RNA-Moleküle in den eigenen Datensätzen vorhanden sind. Darüber hinaus ist es möglich, für diese kleinen RNA Moleküle differentielle Expressionen zu ermitteln und auch Machine-Learning Modelle für die Klassifikation von Krankheiten zu generieren. Der Webservice ist interaktiv, schnell und wird von der Forschungsgemeinde stark benutzt.

Memory Epigenom Browser ( https://memory-epigenome-browser.dzne.de ): Der Memory Epigenom Browser ermöglicht es, über 200 Zelltyp-spezifische epigenetische und transcriptomische Datensätze vor und nach Lernvorgängen auszuwählen, zu visualisieren und herunterzuladen. Diese Daten sind Teil unserer Veröffentlichung über die epigenetischen Grundlagen von Lern- und Gedächtnisprozessen (Halder et al. Nature Neuroscience 2016).

GRAND: "Graphs as nested dictionaries" ist eine Software, die es ermöglicht, schnell und ohne großen RAM-Verbrauch Graph-Operationen und Graph-Visualisierungen durchzuführen. GRAND ist als Python-Packet frei erhältlich. Es unterstützt viele gängige Graph-Dateiformate und enthält Algorithmen für gängige Operationen wie Suche oder kürzeste Pfade.