UKE - Forschung & Translation - Single Cell Core Facility

Single Cell Core Facility

Ziel der Single Cell Core Facility ist es, interessierten Wissenschaftler:innen eine Plattform zur Untersuchung der Genexpression auf Einzelzellbasis bereit zu stellen. Das Serviceangebot umfasst die Beratung und die Erstellung der gewünschten Single Cell Sequencing Library. Eine eigenverantwortliche Nutzung ist nach entsprechender Einarbeitung und Schulungen zur Technik in Zusammenarbeit mit den Geräteherstellern ebenfalls möglich.

Prinzip

Mithilfe der technischen Ausstattung und der Expertise der Core Facility ist es möglich, die Genexpression zusammen mit vorhandenen Zelloberflächenproteinen, der Chromatin-Struktur, der Antigenspezifität und des TCR/BCR-Immunrepertoires einer einzelnen Zelle zu analysieren, um somit die Komplexität der Genexpression und -Regulation besser zu verstehen.

Die Proben werden als Zellsuspension nach entsprechender Aufreinigung durch die Forschenden selbst übernommen und nach Vereinzelung, Library-Konstruktion und Qualitätskontrollen durch die Core Facility an die Nutzer übergeben.

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Hinweise zur eigenen Probenverarbeitung

Des Weiteren stehen Plattformen zur hochauflösenden Gewebeanalyse bereit, die es den Forschenden ermöglichen Transkriptomprofile im räumlichen Kontext zu untersuchen.

Die Schnitte werden durch die Forschenden eigenständig angefertigt. Die weiteren, molekularbiologischen Arbeitsschritte, wie die Bedienung des CytAssist zur Library-Herstellung bzw. die Bedienung des Xenium Analyzers und entsprechende Qualitätskontrollen werden durch die Single Cell Core Facility durchgeführt.

Informationen zur Probenverarbeitung werden durch die Core Facility bereitgestellt.

Angebot

Die Erstellung folgender Einzelzell-Libraries sind möglich:

3’ und 5‘ GEX-Libraries zur Transkriptom-Analyse
V(D)J/Immun-Repertoire Libraries wie BCR- und TCR-seq
Zelloberflächen-Protein Libraries bzw. Immun-Rezeptor-Mapping
Fixed RNA Profiling
ATAC-seq Libraries

Hochauflösende Gewebe-Kartierung:

Visium: Gewebe-assoziierte Transkriptom-Libraries

Subzelluläres Gewebe-Imaging:

Xenium in situ-Plattform

Sequenzierung:

Die angebotenen Serviceleistungen zur Erstellung der verschiedenen Libraries sind kompatibel mit folgenden Illumina und Element Biosciences-Sequenzierungssystemen: