Nanostring Core Facility

Ziel der Nanostring Core Facility ist es, das NanoString® nCounter-Analyse-System ( https://www.nanostring.com ) für direkte Multiplexmessungen der Genexpression mit einer digitalen Barcode-Technologie mit hoher Präzision und Empfindlichkeit (< 1 Kopie pro Zelle) anzubieten. Jeder farbkodierte Barcode ist mit einer Sonde verbunden, welche komplementär zu 35-50 Nukleotiden des Zielmoleküls ist. Zusammen mit den invarianten Kontrollen bilden die Sonden ein CodeSet. Dieses System zeichnet sich durch folgende Merkmale aus:

· Multiplexmessungen von Hunderten von Targets in einer einzigen Reaktion
· vollautomatisiert und bedienerfreundlich
· keine enzymatischen Amplifikationen zur Durchführung des Assays notwendig

Das Institut für Experimentelle Pharmakologie und Toxikologie (IEPT) des UKEs hat dieses System im Jahr 2016 durch eine sehr großzügige Unterstützung des Deutschen Zentrums für Herz-Kreislauf-Forschung (DZHK) erworben.

Serviceleistungen

Folgende Serviceleistungen werden von der Nanostring Core Facility angeboten:

RNA-Analyse mit eigenem Sondenpanel (entwickelt von Nanostring®)

RNA-Analyse mit kundenspezifischen Panels, die vom IEPT entwickelt wurden (kardiale Panels für Mensch, Maus und Ratte):

  • Basic Set Panel mit 31 Genen (für Mensch, Maus oder Ratte), die bei kardialer Hypertrophie und Herzinsuffizienz dysreguliert sind, plus 5 Housekeeping-Gene
  • Erweiterungs-Panel mit 24 Genen, die für Proteine kodieren, die an 6 nicht zusammenhängenden Signalwegen beteiligt sind (für Mensch oder Maus): Autophagie,
    Herzrhythmusstörungen, kardiales Sarkomer, Hippo/Wnt-Signalwege, Zellzyklus und Mikrotubuli (die jeweils enthaltenen Gene sind auf Anfrage erhältlich).

Karyotypisierung-Analyse von humaner genomischer DNA

Anmeldung

Die Nanostring Core Facility steht allen Forschern am UKE und anderen interessierten Forschern offen. Vor der Nutzung des NanoString® nCounter-Analyse-Systems sollten Wissenschaftler eine kurze Beschreibung des Projekts verfassen und per E-Mail senden ( Prof. Dr. Lucie Carrier und Elisabeth Krämer ), damit die Durchführbarkeit des Projekts bewertet werden kann. Es ist wichtig zu wissen, welches Material und welche erforderliche Methodik verwendet werden soll (z. B. NanoString® -Panels oder maßgeschneiderte IEPT-Genpanels).