In der chronischen HIV Infektion akkumulieren integrierte viral-abstammende DNA Sequenzen in den Genomen von HIV Zielzellen. Die Auswahl der Integrationsorte dieser Sequenzen ist initial nicht zufällig und scheint durch verschiedene Selektionsmechanismen, die in der chronischen Infektion während langjähriger antiretroviraler Therapie vorherrschen, noch einmal verändert zu werden. Das Interesse an der Identifikation von Integrationsorten HIV-abstammender Sequenzen im humanen Genom ist in den vergangenen Jahren deutlich gestiegen.

Ein Grund dafür ist, dass diese Integrationen nach neuesten Erkenntnissen vermutlich zur Pathogenese der chronischen HIV Erkrankung beitragen. Dies scheint vor allen Dingen mit dem Vorkommen so genannter rekurrenter genomischer Integrationsorte zusammenzuhängen, in denen vermehrt HIV-abstammende Sequenzen in chronisch infizierten Patienten vorgefunden werden. Unsere Arbeitsgruppe verwendet verschiedene bioinformatische Ansätze, um einen umfassenden Überblick über die Verteilung und Dynamik proviraler Integrationsorte in der chronischen HIV Infektion zu erhalten.

Wir kompilieren Daten von verschiedenen Studien, die Integrationsorte in HIV-infizierten Patienten erfasst haben, und führen damit genom-weite Untersuchungen durch, mit besonderem Schwerpunkt auf den Zusammenhang mit genetischen und epigenetischen Eigenschaften. Um unsere Daten experimentell zu verifizieren haben wir Zugang zu einer DZIF-geleiteten Biobank mit verscheidenen Biomaterialien HIV-infizierter Patienten.

Unsere Studien sollen dazu beitragen, ein besseres Verständnis der proviralen Integrations-Landschaft in der chronischen HIV Infektion zu erlangen und dadurch zu verstehen, inwieweit diese genomischen Veränderungen zur Pathogenese der chronischen HIV Erkrankung beitragen. Letztendlich ist diese Verständnis wichtig für die Entwicklung optimialer Therapiestrategien.