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| Home > Zentren > Zentrum für Diagnostik > Institut für Klinische Chemie / Zentrallaboratorien > Micro-Array-Analytik > Ablauf

Microarray-Analytik - Ablauf

Ablauf: Expressionsanalytik

• Ausgangsmaterial: total-RNA oder Poly-A-RNA
  • es können Ausgangsmengen von 50-500 ng RNA (Konzentration: mind. 20 ng/µl) eingesetzt werden
• Umschreiben der RNA in cDNA
• Umschreiben in eine cRNA (in vitro Transkription)
• Fragmentierung der cRNA
• Hybridisierung (16h bei 45ºC) auf den Array
• Waschen und Färben (diese Schritte sind weitestgehend automatisiert und erfolgen mit einer Fluidics Station)
• Scannen (Affymetrix GeneChip Scanner 7G)

Ablauf: Whole-Transcript Expression - GeneST-/ Exon-Arrays

• Ausgangsmaterial: total-RNA
  • es können Ausgangsmengen von 50-500 ng RNA (Konzentration: mind. 20 ng/µl) eingesetzt werden
• Umschreiben der RNA in cDNA
• Umschreiben in eine cRNA (in vitro Transkription)
• Umschreiben der cRNA in eine einsträngige cDNA (2nd Cycle)
• aRNA Hydrolyse
• Aufreinigung der sense strand DNA
• Fragmentierung
• Terminal Labeling
• Hybridisierung (16h bei 45ºC) auf den Array
• Waschen und Färben (diese Schritte sind weitestgehend automatisiert und erfolgen mit einer Fluidics Station)
• Scannen (Affymetrix GeneChip Scanner 7G)

Ablauf: SNP-Analytik

• Ausgangsmaterial: genomische DNA
  • für jede Präparation benötigen wir Ausgangsmengen von 500 ng DNA (Konzentration: mind. 50 ng/µl)
• Verdau (je nach Arrays-Typ: Xba I, Hind III, Nsp I, Sty I)
• Adapter Ligation
• PCR
• Fragmentierung
• Labeling
• Hybridisierung (je nach Array: 16h bei 48ºC oder 16h bei 49 ºC) auf das Array
• Waschen und Färben (diese Schritte sind weitestgehend automatisiert und erfolgen mit einer Fluidics Station)
• Scannen (Affymetrix GeneChip Scanner 7G)

Auf jeder Ebene der Präparation werden entsprechende Kontrollen der Analytik durchgeführt.