NeuroImage Nord stützt sich auf eine vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) gewährte Förderung für Personal- und Sachmittel zum Aufbau der Arbeitsgruppen und der zugehörigen Infrastruktur. Im Rahmen einer Großgeräteinitiative der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) konnte für NIN ein Magnetresonanz-Tomograph (3 Tesla) für Ganzkörperuntersuchungen beschafft werden.
Darüber hinaus stellt das UKE NeuroImage Nord weitere Personalstellen zur Verfügung. Zahlreiche Einzelprojekte der Arbeitsgruppen werden durch verschiedene Förderinstitutionen unterstützt, vor allem durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft und die Volkswagenstiftung. Die Finanzierung der Grundausstattung und der laufenden Kosten erfolgt durch die beteiligten Universitätskliniken.
