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Die Geschichte des Anatomischen Institutes in Hamburg geht auf das Jahr 1919 zurück, als erstmalig in einer Villa und zwei hölzernen Militärbaracken der Lehrbetrieb aufgenommen wurde. Es dauerte fast 40 Jahre bis schließlich im April 1958 das Anatomische Institut fertig gestellt wurde. Angesichts steigender Studentenzahlen wurde 1965 mit Errichtung eines zweiten Ordinariats das benachbarte vormalige Badehaus dem Kerninstitut baulich und institutionell angeschlossen.
Die Liste berühmter Wissenschaftler, die seit seinem Bestehen in diesem Institut arbeiteten, ist lang. Viele von ihnen blieben nicht lange, weil sie nach kurzer Zeit an andere Universitäten berufen wurden, dazu gehörten unter anderem Friedrich Meves und Wilhelm von Möllndorff. Ihm folgten Heinrich Poll, der 1933 durch das NS-Regime aus seinem Amt vertrieben wurde, und Kurt Goerttler, der jedoch auch schon nach eineinhalb Jahren nach Heidelberg beurlaubt wurde, um dort ein Anatomisches Institut nach den Wünschen des Reichserziehungsministers einzurichten. Ihm folgte Johannes Brodersen, dem das Institut den Aufbau einer Anatomischen Sammlung verdankt, der aber gleichermaßen wie sein Kollege Poll durch das NS-Regime gezwungen wurde, um seine vorzeitige Versetzung in den Ruhestand zu bitten. Sein Nachfolger Karl Zeiger stand dem Institut 17 Jahre vor und ihm verdankt es die Einrichtung eines elektronenmikroskopischen Labors. Sein Nachfolger Ernst Horstmann war für seine wissenschaftliche Vielseitigkeit bekannt und er erstellte grundlegende angesehene Arbeiten über die Morphologie der Haut, des Zentralnervensystems und der Samenzellbildung. Zu nennen sind weiterhin der Embryologe Hermann Bautzmann und der Neuroanatom Kurt Fleischhauer, Adolf Friedrich Holstein, dem wir weite Teile unseres Wissens über die Spermatogenese verdanken und Werner Lierse.
Nach Umstrukturierungen im Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf gibt es heute zwei Anatomische Institute: das Institut für Anatomie I: Zelluläre Neurobiologie, Leiterin Prof. Gabriele M. Rune, die zum WS 2001/2002 von der Ernst-Moritz-Arndt Universität, Greifswald, nach Hamburg berufen wurde, und das Institut für Anatomie II: Experimentelle Morphologie, Leiter Prof. Udo Schumacher. Beide Institute gehören zum Zentrum für Experimentelle Medizin.
