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1959 gründete die Universität Hamburg auf Anregung des damaligen Direktors der Psychiatrischen und Nervenklinik Hans Bürger-Prinz und des Sexualwissenschaftlers und Psychiaters Hans Giese das "Institut für Sexualforschung an der Universität Hamburg". Die neue Einrichtung wurde in der Psychiatrischen Klinik angesiedelt und ohne eigenen Etat mit Personal- und Sachmitteln dieser Klinik betrieben. Giese leitete das Institut von 1959 bis zu seinem Tod im Jahr 1970.
1972 wurde das Institut mit Unterstützung des damaligen Präsidenten der Universität Hamburg Peter Fischer-Appelt in die "Abteilung für Sexualforschung" der Psychiatrischen und Nervenklinik umgewandelt und erhielt einen eigenen Personal- und Bibliotheksetat. Damit wurde das Fach Sexualwissenschaft erstmalig in der Bundesrepublik durch eine universitäre Einrichtung vertreten. 1979 richtete die Abteilung gefördert aus Mitteln des Bundesministeriums für Gesundheit eine "Sexualberatungsstelle" als Modellprojekt ein, das die klinischen Forschungsergebnisse der Abteilung auch durch Mediatorenarbeit der Praxis nutzbar machen sollte. 1986 übernahm die Universität das Modellprojekt als dauerhafte Einrichtung der Abteilung für Sexualforschung. Die Beratungsstelle war zunächst außerhalb des Klinikgeländes in Barmbek untergebracht und wurde Ende 2002 wieder ins Klinikum reintegriert.
Von 1974 bis zu seinem Tod 1991 war der Psychiater Eberhard Schorsch Direktor der Abteilung, von 1995 bis Anfang 2010 nahm der Psychiater und Psychoanalytiker Wolfgang Berner dieses Amt wahr. Im Jahr 2001 wurde die "Abteilung für Sexualforschung" um die forensische Psychiatrie erweitert. Im Rahmen der Umstrukturierung des Universitätsklinikums Hamburg-Eppendorf wurde die Abteilung 2002 in "Institut für Sexualforschung und forensische Psychiatrie" umbenannt und ist seitdem Teil des Zentrums für Psychosoziale Medizin am UKE. Seit dem Frühjahr 2010 ist der Sexualforscher, Forensische Psychiater und Psychotherapeut Peer Briken Direktor des Instituts.
Die Aufgaben des Instituts umfassen heute Lehre, Krankenversorgung, Fort- und Weiterbildung, Gutachtertätigkeit und Forschung.
