Micro-Array-Analytik
Array Service Center
IIm Rahmen von wissenschaftlichen Fragestellungen wird seit Februar 2002 im Institut für Klinische Chemie ein Labor für Microarray-Analytik betrieben.
Eingesetzt werden u. a. industriell gefertigte DNA-Microarrays der
Fa. Affymetrix. Sie werden mit Hilfe eines photolithographischen Verfahrens hergestellt und weisen eine hohe Transkript-Dichte pro Chip auf. Für jedes Gen oder EST sind 11 bis 20 "Messpaare", die aus 25-mer Oligonukleotiden bestehen, auf dem "GeneChip" abgebildet.
Dieses System ermöglicht eine schnelle, simultane Expressionsanalyse von Tausenden von Genen. Auf mRNA- bzw. cDNA-Ebene werden gerade transkribierte DNA-Abschnitte eines Organismus, Tumors oder auch von Zell-Linien erfasst, sodass Rückschlüsse auf z.B. an Krankheitsprozessen beteiligten Genen möglich sind.
Seit Juni 2006 wird zusätzlich zur Expressionsanalytik auch SNP-Analytik angeboten. Mit Hilfe dieser Arrays ist es u.a. möglich chromosomale "Copy Number Changes", die zu Krebs oder anderen Erkrankungen führen können, zu untersuchen.
Seit 1. März 2007 kommt, in enger Kooperation mit der
eppendorf AG, zusätzlich die Technologie der Eppendorf Biochip Systems GmbH zum Einsatz.
Hierbei enthält jedes Slide zwei identische Microarrays, wodurch eine hohe Reproduzierbarkeit gewährleistet wird. Die von Eppendorf verwendete Xmer®-Technologie verwendet 200-400 Nukleotide lange sense-DNA, die in geprüfter Qualität auf die Chips hybridisiert wird.
Dieses System ermöglicht eine sensitive und themenspezifische Expressionsanalyse von Genen. Ein weiterer Baustein dieses Systems ermöglicht die parallele Analyse von Aktivierungsprofilen von Transkriptionsfaktoren im Microarray-Format. Zusätzlich bietet die Silverquant® Detektionstechnologie eine kostengünstige und sensitive colorimetrische Auswertung aller Arrays.
